В далёком 1930 году 27 июля на заседании Тобольского комитета Севера было принято постановление о строительстве новых школ в новой пятилетке в Сургутском районе, о чём подтверждают архивные документы.
(1. Заседание Тобольского комитета Севера от 27.07. 1930г.)
В том же году было определено избрать пункт для строительства интерната по течению бассейна реки Аган. Строительство длилось до 1935 года. Осуществлялось строительство «двадцатитысячниками», людьми, которые вербовались строить на Севере объекты культурного назначения: красные чумы, библиотеки и т.д. Аганскую школу-интернат, по воспоминаниям, строила ленинградская бригада. Ответственным за строительство школы был работник Сургутского Рика т. Пшеленский. (Постановление Сургутской районной инспектуры Нархозучёта от 12.12.1934г.)
В 1935 году школа-интернат была готова принять первых учеников, проживающих на территории Аганского тузсовета. В сентябре 1935 года школа была открыта. Но, просуществовав недолго, она была закрыта. (Постановление президиума Сургутского Рика от 06.04.1936 года «О закрытии Аганской школы»). Причиной оказалось то, что учеников оказалось 3 человека, из них ханты – 2 человека. И ввиду двойного расхода по адмхозрасходам учеников Аганской школы было решено перевести в Варьёганскую школу до конца учебного года, а по Аганской школе было предложено ответственным лицам обеспечить охват учащихся на 1936 – 1937 учебный год. И в сентябре 1936 года школа в Агане была вновь открыта. Об этом свидетельствует приказ №87 по Сургутскому РОНО от 19 августа 1936 года:
И уже с 1936 года школа постоянно работала.
Кроме учителей в школах были учителя в Красных чумах, в чьи обязанности входило заниматься ликвидацией безграмотности и малограмотности среди местного населения. Эти учителя выезжали в юрты, где проживали ханты.
Подходил 1941 год. В посёлке были мужчины призывного возраста. Их обучали с отрывом от производства. После окончания обучения по программе им надо было сдать экзамены, т.е. проходила проверка знаний.
Вписала в свою биографию страницы жизни и работы в Аганской школе Хмелёва М.И. Она родилась и выросла на Югорской земле Сургутского района, в совершенстве владела языком ханты. Приехала в Аган в трудном 1943 году в августе.
Сейчас Мария Ивановна в возрасте 84 лет живёт в Сургуте. За свой труд она имеет награды и поощрения, почётный житель Сургута.
Пришло время, когда начальные школы Восточного участка – это Аган, Тром-Аган и Варьёган – было принято организовывать в семилетние, т.е. открыть 5-е классы.
Из Приказа №300 по Сургутскому району от 02.06.1950 г. в целях всеобщего образовательного семилетнего образования в новом 1950 – 1951 учебном году реорганизовать начальные школы в семилетние, т.е. открыть 5 класс.
В таком ритме и жила Аганская школа до 1955 года. В это время появилась необходимость перевести посёлок на новое место. Аганская школа тоже притерпела изменения. Новый посёлок начал обустраиваться в 12-ти километрах от старого, вниз по течению реки Аган. Вначале были построены избы для коренных жителей, но они все пустовали, т.к. ханты не хотели жить постоянно в посёлке. Первыми в новый посёлок перебрались Совет, медпункт, Красный чум с библиотекой, магазин. Расположились они в пустующих домиках, люди жили в таких же домиках. Школу с интернатом расположить было негде, но в 1956 году всё-таки школу пришлось открыть в новом посёлке, она расположилась в двух домиках, занятия были организованы в две смены.
Летом 1956 года здание школы разобрали и по реке перевезли в новый посёлок. Зимой собственными силами начали его строить. Посёлок был маленьким, необустроенным, домики располагались среди деревьев, люди пользовались керосиновыми лампами.
Летом до центра ездили на маленьких катерах и лодках, а зимой на оленях. В 1957 году половину школы ввели в эксплуатацию. Учителя – Фарносова Валентина Васильевна (заведующая), Мирюгина Маргарита Григорьевна, Айтмухаметова Ольга Григорьевна, Зайцева Маина Ивановна – сами подготовили её к началу учебного года. В течение учебного года вместе со старшеклассниками была подготовлена вторая половина здания, обита дранкой.
И вот в 1957 году Аганская начальная школа была реорганизована в семилетнюю. Открылся 5 класс. Первым директором семилетней школы была Пикурева (Айтмухаметова) Ольга Григорьевна.
В 1968 году здание интерната было перестроено, проживало в нём уже 73 человека, все коренной национальности, ханты. В интернат привозили детей из Чистоборска, а также позднее из Покачей. В школе обучалось более 120 детей.
Директором в это время был Корнеев Анатолий Александрович, он заочно учился на режиссёра во ВГИКе. Учителем математики работала его жена Корнеева Нина Ивановна. Работал в Аганской школе директором Василенко Владимир Ефимович, выпускники Московского университета Аксельрод Владимир, Аксельрод Серафима Семёновна. В 1972 году приехали в Аганскую школу Кельмина (Кулинич) Елена Денисовна, Венго Маргарита Вынтымовна.
С 1997 года школе присвоен статус национальной. В учебную программу были введены уроки охотоведения и рыболовства, декоративно-прикладного национального искусства, игры народов ханты, национальные виды спорта. В 12 километрах от посёлка вниз по реке на берегу небольшой протоки выросла учебно-производственная база для занятий традиционными промыслами и ремёслами. В школе введено обязательное изучение хантыйского языка и хантыйской литературы. Этот предмет преподавала Е.Д. Кулинич. Ею разработаны учебники на сургутском диалекте для начальных классов, издан русско-хантыйский разговорник.
Осенью 1999 года состоялось торжественное открытие нового здания школы.
За эти годы школа вывела в жизнь около 500 выпускников. Среди них педагоги, врачи, писатели, поэты, рыбаки, охотники, нефтяники, геологи.